疾病分子標志物研究解決方案
Disease molecular markers
分子診斷領(lǐng)域正處于從單分子診斷到多分子診斷，再到多組學(xué)聯(lián)合診斷的演進階段。本研究方案提供一站式服務(wù)，涵蓋多組學(xué)分析及分子標志物靶點篩選。此外，我們亦提供多組學(xué)聯(lián)合標志物檢測技術(shù)服務(wù)，旨在實現(xiàn)更精確的人群分層和疾病過程解析，標志著分子標志物研究向更精準、多維度的方向發(fā)展。
疾病分子標志物研究方案
1.隊列：包括對照組與疾病組的比較，如預(yù)后好與預(yù)后差、疾病I與疾病II等。
2.樣本：從隊列中收集不同類型的生物樣本，如血漿、血清、糞便、組織、尿液等。
3.多組學(xué)檢測：對收集的樣本進行多組學(xué)層面檢測，包括表觀基因組、基因組、蛋白組、代謝組、脂質(zhì)組、宏基因組等。
4.數(shù)據(jù)預(yù)處理：對檢測得到的數(shù)據(jù)進行預(yù)處理，包括數(shù)據(jù)評價、數(shù)據(jù)清理與填補、協(xié)變量校正等。
5.統(tǒng)計與生信分析（單組學(xué)分析）：對單一組學(xué)的數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計和生物信息學(xué)分析，包括：
o臨床信息統(tǒng)計
o分子表達及輪廓差異分析
o特征及組合篩選
o診斷模型構(gòu)建及評價
o風(fēng)險因素分析
o臨床指標關(guān)聯(lián)分析
o分子功能與通路分析
6.統(tǒng)計與生信分析（多組學(xué)整合）：將不同組學(xué)的數(shù)據(jù)進行整合分析，包括：
o整合特征及組合篩選
o診斷模型構(gòu)建、評價及比較
o表達及功能相關(guān)性分析
組合產(chǎn)品
表觀基因組+轉(zhuǎn)錄組；
蛋白組+代謝組+微生物組等；
表觀基因組+轉(zhuǎn)錄組+基因組等；
表觀基因組+基因組+代謝組等；
……（易基因提供方案設(shè)計協(xié)助）
應(yīng)用領(lǐng)域
各種疾病的鑒別、預(yù)后、預(yù)測等分子標志物的篩選發(fā)現(xiàn)
研究案例
（1）表觀基因組+轉(zhuǎn)錄組深入研究宮頸癌發(fā)生發(fā)展的表觀遺傳生物標記物。
易基因與客戶合作，深入研究宮頸癌的發(fā)生和發(fā)展。選擇從健康宮頸到CIN到CC的一系列樣本，通過全基因組亞硫酸鹽測序（WGBS-seq）、氧化亞硫酸鹽測序（oxWGBS-seq）、RNA測序和組蛋白修飾數(shù)據(jù)的綜合分析，揭示宮頸癌特異性的潛在表觀遺傳生物標記物。
圖1：與DMR和DhMR的相關(guān)基因
圖2：甲基化/羥甲基化與基因組變化的多組學(xué)綜合分析
（2）全基因組DNA甲基化綜合分析揭示前列腺癌死亡率的預(yù)后表觀遺傳生物標志物
本研究利用WGBS全面繪制前列腺癌患者根治性前列腺切除術(shù)后組織的DNA甲基化圖譜，并在獨立隊列中驗證差異甲基化區(qū)域（DMR）。通過與公共數(shù)據(jù)集比較，建立包含18個基因的預(yù)后panel，顯著提高PCSM的預(yù)測準確性。
圖：非致死組和致死組患者之間的整體和位點特異性甲基化差異
參考文獻：
1) Han Y, et al. An epigenomic landscape of cervical intraepithelial neoplasia and cervical cancer using single-base resolution methylome and hydroxymethylome. Clin Transl Med. 2021 Jul;11(7):e498. doi: 10.1002/ctm2.498. PubMed PMID: 34323415.
2) Pidsley R, et al. Comprehensive methylome sequencing reveals prognostic epigenetic biomarkers for prostate cancer mortality. Clin Transl Med. 2022 Oct;12(10):e1030.
