cfDNA甲基化免疫沉淀測(cè)序（cfMeDIP-seq）
由于血漿cfDNA的豐度低且碎片化程度高，片段大小常在150bp左右，限制了大部分血漿甲基化特異性PCR檢測(cè)方法的應(yīng)用，相關(guān)檢測(cè)研究也存在較大的挑戰(zhàn)。雖然有科學(xué)家嘗試?yán)萌蚪M甲基化測(cè)序（WGBS）進(jìn)行甲基化檢測(cè)，但WGBS技術(shù)在亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化過(guò)程中存在DNA容易降解、檢測(cè)成本高等特點(diǎn)。
為突破現(xiàn)有檢測(cè)技術(shù)限制，易基因推出靈敏、可分離、檢測(cè)和分析低水平甲基化DNA的甲基化游離DNA免疫共沉淀測(cè)序（cfMeDIP-seq）方法。該方法將免疫共沉淀技術(shù)與高通量測(cè)序結(jié)合，通過(guò)對(duì)cfDNA中的甲基化DNA片段（富含CpG區(qū)域）進(jìn)行特異性富集，提高檢測(cè)效率。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1、檢測(cè)范圍廣：全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域；
2、起始量低：起始量低至5ng；
3、富集倍數(shù)高：CpG富集倍數(shù)可達(dá)到上樣前的2倍；
4、針對(duì)性強(qiáng)：針對(duì)性檢測(cè)基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域；
5、成本低：大大降低了測(cè)序數(shù)據(jù)量，測(cè)序成本低。
應(yīng)用場(chǎng)景
1、癌前病變的癌變預(yù)警標(biāo)志物檢測(cè)
2、腫瘤早期篩查標(biāo)志物檢測(cè)
3、腫瘤預(yù)后標(biāo)志物檢測(cè)
4、藥物療效預(yù)測(cè)標(biāo)志物檢測(cè)
技術(shù)路線
實(shí)驗(yàn)策略
分析內(nèi)容
送樣要求
技術(shù)指標(biāo)
cfDNA提取及檢測(cè)效果
a. 提取樣本為比較純的cfDNA，主帶在150bp左右；
b. 提取樣本中含有較多gDNA污染
經(jīng)典案例
全基因組cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌無(wú)創(chuàng)診斷成像的準(zhǔn)確性
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
背景
基于乳房X線片和超聲技術(shù)的乳腺影像報(bào)告和數(shù)據(jù)系統(tǒng)(BI-RADS)被廣泛用于乳腺癌的早期診斷，但這種方法的假陽(yáng)性率較高，會(huì)導(dǎo)致不必要的活檢，尤其是對(duì)于BI-RADS-4類的患者來(lái)說(shuō)。而攜帶DNA甲基化信息的游離DNA(cfDNA)已經(jīng)成為一種非侵入性的癌癥檢測(cè)方法。
方法
本研究收集了接受乳腺X線片和超聲檢查后活檢的210例BI-RADS 4類乳腺病變女性患者。從CHCAMS的活檢患者中收集了20個(gè)腫瘤樣本(10個(gè)惡性和10個(gè)良性)，用于全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序(WGBS)。
結(jié)論
基于血液的全基因組DNA甲基化研究，以單堿基分辨率從良性腫瘤中檢測(cè)早期乳腺癌，結(jié)果表明結(jié)合液體活檢和傳統(tǒng)的成像診斷可以通過(guò)降低假陽(yáng)性率和避免不必要的損害來(lái)改進(jìn)當(dāng)前乳腺癌早期診斷的臨床實(shí)踐。
圖：液體活檢與傳統(tǒng)的診斷顯像相結(jié)合可以提高早期乳腺癌診斷的準(zhǔn)確性。
參考文獻(xiàn)：
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
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