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ac4C乙酰化RNA免疫沉淀測(cè)序（acRIP-seq）

ac4C RNA乙?；∟4-acetyicytidine，ac4C），N4位乙酰胞嘧啶，是真核原核生物中保守的化學(xué)修飾，早期研究認(rèn)為ac4C主要存在于tRNA和18S rRNA上。近期研究顯示，mRNA上也存在大量的ac4C，該修飾在促進(jìn)蛋白翻譯、影響RNA穩(wěn)定性和可變剪接、調(diào)控基因表達(dá)發(fā)揮重要作用，是繼m6A修飾之后表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)的新興發(fā)展方向。


ac4C RNA修飾的檢測(cè)，易基因采用基于抗體富集的ac4C RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation，acRIP)技術(shù)：基于抗體特異性結(jié)合乙?；揎棄A基原理，以RNA免疫共沉淀富集乙?；揎椘螢榛A(chǔ)，然后通過(guò)高通量測(cè)序（acRIP-seq），在轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究發(fā)生乙?；腞NA區(qū)域，高效獲得結(jié)果。


易基因提供適用于不同科研需求的acRIP -seq技術(shù)：

1）ac4C 乙?；?常量mRNA acRIP -seq

2）ac4C 乙?；?常量mRNA +lncRNA acRIP -seq

3）ac4C 乙?；?微量mRNA +lncRNA acRIP -seq



實(shí)驗(yàn)原理：

首先通過(guò)poly(A)捕獲RNA，將獲得的RNA打成100nt左右的小片段；之后使用ac4C特異性抗體進(jìn)行免疫共沉淀，含有ac4C修飾的RNA片段被富集并回收；進(jìn)而對(duì)回收的RNA進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建、高通量測(cè)序和生物信息學(xué)分析，通過(guò)peak分析鑒定出ac4C修飾的位點(diǎn)。


實(shí)驗(yàn)策略：


信息分析：


送樣要求：


研究案例：

mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化可提高翻譯效率

Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency

期刊：Cell      

IF：45.5

N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）是一種由乙酰轉(zhuǎn)移酶NAT10催化的mRNA修飾。本研究通過(guò)對(duì)WT和下調(diào)NAT10的Hela細(xì)胞進(jìn)行acRIP-seq和mRNA-seq，揭示了ac4C在編碼序列中的特異性乙?；瘏^(qū)域富集。NAT10敲除導(dǎo)致在比對(duì)mRNA位點(diǎn)的ac4C檢測(cè)減少，并與靶向mRNA整體下調(diào)相關(guān)。對(duì)mRNA半衰期分析顯示，乙酰化mRNA穩(wěn)定性依賴(lài)于NAT10。進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)表明，mRNA乙酰化在體內(nèi)外增強(qiáng)底物翻譯。在ac4C peaks的密碼子含量分析揭示了在動(dòng)態(tài)位點(diǎn)中胞嘧啶的偏倚表達(dá)，從而影響mRNA解碼效率。這些發(fā)現(xiàn)擴(kuò)展了mRNA修飾范圍（包括乙酰化殘基），并闡明了ac4C在mRNA翻譯調(diào)控中的作用。

acRIP-seq繪制mRNA ac4C圖譜


參考文獻(xiàn)：

Arango D, et al. Immunoprecipitation and Sequencing of Acetylated RNA. Bio Protoc. 2019 Jun 20;9(12):e3278. pii: e3278. doi: 10.21769/BioProtoc.3278. PubMed PMID: 33654795.Arango D, et al. Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency. Cell. 2018 Dec 13;175(7):1872-1886.e24. pii: S0092-8674(18)31383-7. doi: 10.1016/j.cell.2018.10.030. PubMed PMID: 30449621.


以上就是關(guān)于ac4C乙?；疪NA免疫沉淀測(cè)序（acRIP-seq）技術(shù)的介紹，易基因科技提供全面的表觀遺傳學(xué)研究整體解決方案，有需要的老師可以通過(guò)以下方式聯(lián)系我們。

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