羥甲基化-免疫沉淀測序（hMeDIP-Seq）
羥甲基化DNA免疫沉淀測序（Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，hMeDIP-Seq）是通過運(yùn)用5'-羥甲基胞嘧啶特異性抗體富集羥甲基化的DNA片段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。
技術(shù)優(yōu)勢
1）檢測范圍廣：全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域
2）針對(duì)性強(qiáng)：針對(duì)性檢測基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域
3）成本低：大大降低了測序數(shù)據(jù)量，測序成本低
實(shí)驗(yàn)策略
信息分析
送樣要求
研究案例
小鼠胚胎干細(xì)胞的羥甲基化研究
Wu H,et al. Genome-wide analysis of 5-hydroxymethylcytosine distribution reveals its dual function in transcriptional regulation in mouse embryonic stem cells. Genes Dev. 2011 Apr 1;25(7):679-84.
1、背景：
研究證實(shí)TET家族蛋白可以催化5mC轉(zhuǎn)化為5hmC。5mC已經(jīng)被廣泛研究，但對(duì)5hmC的分布和功能知道的還很少。
2、方法：
利用hMeDIP-seq測序技術(shù)對(duì)小鼠胚胎干細(xì)胞的wild-type和Tet1-depleted type的5hmC進(jìn)行研究。
3、結(jié)論：
5hmC在轉(zhuǎn)錄活性高的基因的gene bodies區(qū)域和受到Polycomb抑制的發(fā)育調(diào)節(jié)因子的啟動(dòng)子區(qū)域；5hmC可能在基因表達(dá)調(diào)控中起著激活和抑制的雙重功能。
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