微量或單細(xì)胞樣本取樣要求(版本:2023年8月)
A、微量或單細(xì)胞樣本取樣要求
1、微量細(xì)胞或單細(xì)胞全基因組甲基化測序(Micro-WGBS/scWGBS)
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量大于10000,收集細(xì)胞后,可通過離心(1000g,4℃離心5min),去除培養(yǎng)基或PBS液體,將細(xì)胞沉淀干冰寄送。也可以將細(xì)胞保存在細(xì)胞凍存液,梯度降溫后,干冰寄送。
以下情況需提前聯(lián)系,公司寄送WGBS甲基化細(xì)胞裂解液:
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在1000-10000,分選細(xì)胞到1.5ml離心管后,要求體積不超過20ul(體積過大可通過1000g,4℃,5-10min離心,小心去除部分液體)。大約預(yù)估液體體積,加入等體積的細(xì)胞裂解液和0.5ul的蛋白酶K,記錄每個樣品加入裂解液的體積和大約細(xì)胞數(shù)目。離心管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送;
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在100-1000,分選細(xì)胞到1.5ml離心管后,要求體積不超過8ul(體積過大可通過1000g,4℃,5-10min離心,小心去除部分液體)。大約預(yù)估液體體積,加入等體積的細(xì)胞裂解液和0.5ul的蛋白酶K,記錄每個樣品加入裂解液的體積和大約細(xì)胞數(shù)目。離心管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送。
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在1-100,分選細(xì)胞到PCR管后,要求體積不超過5ul(體積過大可通過1000g,4℃,5-10min離心,小心去除部分液體)。大約預(yù)估液體體積,加入等體積的細(xì)胞裂解液和0.5ul的蛋白酶K,記錄每個樣品加入裂解液的體積和大約細(xì)胞數(shù)目。PCR管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送;
2、微量細(xì)胞或單細(xì)胞簡化基因組甲基化測序(XRBS/scXRBS)
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量大于10000,收集細(xì)胞后,可通過離心(1000g,4℃離心5min),去除培養(yǎng)基或PBS液體,將細(xì)胞沉淀干冰寄送。也可以將細(xì)胞保存在細(xì)胞凍存液,梯度降溫后,干冰寄送。
以下情況需提前聯(lián)系,公司寄送XRBS甲基化細(xì)胞裂解液:
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在1000-10000,分選細(xì)胞到1.5ml離心管后,要求體積不超過20ul(體積過大可通過1000g,4℃,5-10min離心,小心去除部分液體)。大約預(yù)估液體體積,加入等體積的細(xì)胞裂解液和0.5ul的蛋白酶,記錄每個樣品加入裂解液的體積和大約細(xì)胞數(shù)目。離心管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送;
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在100-1000,細(xì)胞潔凈度要求較高,分選的細(xì)胞中不能含培養(yǎng)基,體液等抑制酶反應(yīng)的液體等,分選后體積不超過4ul(體積過大可通過1000g,4℃,5-10min離心,小心去除部分液體),細(xì)胞分選到PCR管中,加入4ul的細(xì)胞裂解液和0.5ul的蛋白酶,記錄每個樣品大約細(xì)胞數(shù)目。離心管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送;
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在1-100,細(xì)胞潔凈度要求較高,分選的細(xì)胞中不能含培養(yǎng)基,體液等抑制酶反應(yīng)的液體等,分選后體積不超過1ul(體積過大可通過1000g,4℃,5-10min離心,小心去除部分液體),細(xì)胞分選到PCR管中,加入3ul的細(xì)胞裂解液和0.5ul的蛋白酶,記錄每個樣品大約細(xì)胞數(shù)目。離心管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送;
3、微量細(xì)胞或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(Smart-seq2)
注意事項:
1) RNA容易降解且成熟mRNA主要分布在細(xì)胞質(zhì)中,在細(xì)胞分離前,確保環(huán)境的潔凈,以及分離過程中保證細(xì)胞的完整性,以免細(xì)胞破裂等。
2) 建議超凈臺內(nèi)操作,實驗前用 RNA-zap(Ambion)擦拭實驗臺面及相關(guān)器材,防止RNA 酶污染。
3) RNA 酶在外界環(huán)境,人體皮膚表面、汗液等廣泛存在,試驗操作請佩戴一次性手套及口罩, 并用酒精,RNA-zap擦拭手套和操作空間,實驗過程中不要隨意接觸試驗無關(guān)的易污染物品。
4) 細(xì)胞培養(yǎng)基、體液(如血液)等雜質(zhì)殘留會嚴(yán)重影響后續(xù)酶反應(yīng),細(xì)胞分離前請先用 PBS 洗滌,去除培養(yǎng)基等雜質(zhì)后再進行后續(xù)操作。
5) 建議同一項目,不同樣本,保持細(xì)胞的數(shù)量大致相同。
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量大于200,細(xì)胞收集到1.5ml離心管,記錄每個樣品管中的細(xì)胞數(shù)目,分離細(xì)胞如果液體超過20ul,可通過離心(1000g,4℃離心5-10min),小心去除培養(yǎng)基或PBS液體,在細(xì)胞沉淀中加入500ul的Trizol裂解液,混勻-80保存,干冰寄送。
以下情況需提前聯(lián)系,公司寄送RNA細(xì)胞裂解液:
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在50-200,細(xì)胞收集到PCR管中,細(xì)胞分離殘留液體體積不超過1ul,記錄每個樣品管中的細(xì)胞數(shù)目,在細(xì)胞中加入10ul的RNA細(xì)胞裂解液(如果確定細(xì)胞隨帶的液體體積小于1ul,可先在PCR管中先加入裂解液,然后將分選的細(xì)胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送。
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在10-50,細(xì)胞收集到PCR管中,細(xì)胞分離殘留液體體積不超過0.5ul,記錄每個樣品管中的細(xì)胞數(shù)目,在細(xì)胞中加入8ul的RNA細(xì)胞裂解液(如果確定細(xì)胞隨帶的液體體積小于0.5ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后將分選的細(xì)胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送。
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在1-10,細(xì)胞收集到PCR管中,細(xì)胞分離殘留液體體積不超過0.5ul,記錄每個樣品管中的細(xì)胞數(shù)目,在細(xì)胞中加入5ul的RNA細(xì)胞裂解液(如果確定細(xì)胞隨帶的液體體積小于0.5ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后將分選的細(xì)胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送。
4、微量細(xì)胞或單細(xì)胞全基因組甲基化+轉(zhuǎn)錄組測序(scWGBS+Smart-seq2)
注意事項:
1) RNA容易降解且成熟mRNA主要分布在細(xì)胞質(zhì)中,在細(xì)胞分離前,確保環(huán)境的潔凈,以及分離過程中保證細(xì)胞的完整性,以免細(xì)胞破裂等。
2) 建議超凈臺內(nèi)操作,實驗前用 RNA-zap(Ambion)擦拭實驗臺面及相關(guān)器材,防止RNA 酶污染。
3) RNA 酶在外界環(huán)境,人體皮膚表面、汗液等廣泛存在,試驗操作請佩戴一次性手套及口罩, 并用酒精,RNA-zap擦拭手套和操作空間,實驗過程中不要隨意接觸試驗無關(guān)的易污染物品。
4) 細(xì)胞培養(yǎng)基、體液(如血液)等雜質(zhì)殘留會嚴(yán)重影響后續(xù)酶反應(yīng),細(xì)胞分離前請先用 PBS 洗滌,去除培養(yǎng)基等雜質(zhì)后再進行后續(xù)操作。
5) 同一項目,不同樣本,保持細(xì)胞的數(shù)量大致相同。
以下情況需提前聯(lián)系,公司寄送RNA細(xì)胞裂解液:
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量大于1000,細(xì)胞收集到PCR管中,細(xì)胞分離殘留液體體積不超過2ul,記錄每個樣品管中的細(xì)胞數(shù)目,在細(xì)胞中加入12ul的RNA細(xì)胞裂解液(如果確定細(xì)胞隨帶的液體體積小于2ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后將分選的細(xì)胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送。
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在500-1000,細(xì)胞收集到PCR管中,細(xì)胞分離殘留液體體積不超過1ul(若樣品為10個細(xì)胞以內(nèi),盡可能不超過1ul),記錄每個樣品管中的細(xì)胞數(shù)目,在細(xì)胞中加入10ul的RNA細(xì)胞裂解液(如果確定細(xì)胞隨帶的液體體積小于1ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后將分選的細(xì)胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送。
若每個樣本細(xì)胞數(shù)量在1-500,細(xì)胞收集到PCR管中,細(xì)胞分離殘留液體體積盡可能不超過0.5ul(若樣品為10個細(xì)胞以內(nèi),盡可能不超過0.2ul),記錄每個樣品管中的細(xì)胞數(shù)目,在細(xì)胞中加入8ul的RNA細(xì)胞裂解液(如果確定細(xì)胞隨帶的液體體積小于0.5ul,可先在PCR管中加入裂解液,然后將分選的細(xì)胞直接加入裂解液中),PCR管直立-80凍存,將細(xì)胞和裂解液一起固定在管子底部,固定過后干冰寄送。
注意事項
1. 胚胎早期發(fā)育樣本建議去除透明帶。
2. 實驗過程中使用到的吸頭、PCR 管等耗材必須為 Nuclease-Free 級別且是低吸附材質(zhì)。