易基因送樣要求
易基因送樣要求(版本:2025年01月)
A.DNA類文庫(kù)送樣要求
1. 常規(guī)全基因組重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(WGBS)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)顯著降解,無(wú)明顯的RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于1 μg,濃度正常不低于10ng/μl,推薦溶解在TE緩沖液中;
(3) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于30mg;植物組織推薦送樣量不低于100mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送。
2. 精準(zhǔn)DNA甲基化和/或羥甲基化測(cè)序(oxWGBS)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)顯著降解,無(wú)明顯的RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于3 μg,濃度正常不低于30ng/μl,推薦溶解在TE緩沖液中;
(3) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送。
3. 簡(jiǎn)化重亞硫酸鹽測(cè)序(RRBS/dRRBS)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)明顯降解和RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于1 μg,濃度正常不低于20ng/μl;
(3) DNA溶解于EB緩沖液中(10mM Tris-HCl,pH 7.5-8.5),不推薦溶解在TE緩沖液中;
(4) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送。
4. 簡(jiǎn)化氧化和重亞硫酸鹽測(cè)序(oxRRBS & RRBS)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)明顯降解和RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于3 μg,濃度正常不低于20ng/μl;
(3) DNA溶解于EB緩沖液中(10mM Tris-HCl,pH 7.5-8.5),不推薦溶解在TE緩沖液中;
(4) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送。
5. 液相雜交捕獲重亞硫酸鹽甲基化測(cè)序(LHC-BS)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)明顯降解和RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于3μg,濃度正常不低于20ng/μl,DNA推薦溶解于TE緩沖液中;
(3) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送;
6. 甲基化DNA免疫共沉淀測(cè)序(MeDIP)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)明顯降解和RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于2 μg,濃度正常不低于20ng/μl,DNA推薦溶解于TE緩沖液中;
(3) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送。
7. 羥甲基化DNA免疫共沉淀測(cè)序(hMeDIP)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)明顯降解和RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于3μg,濃度正常不低于20ng/μl,DNA推薦溶解于TE緩沖液中;
(3) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送。
8. 擴(kuò)增子甲基化(Amplicon-BS)
提取的DNA樣品:
(1) 提取完整的基因組DNA,無(wú)明顯降解和RNA污染;
(2) Qubit檢測(cè)DNA的總量不低于100ng/amplicon,濃度正常不低于10ng/μl,DNA推薦溶解于TE緩沖液中;
(3) 已提取DNA可通過(guò)干冰或冰袋寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,PBS漂洗去除殘留血液后,液氮保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg,實(shí)際用量根據(jù)PCR產(chǎn)物多少確定;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集約10的6次方細(xì)胞沉淀,干冰寄送。
9. 單細(xì)胞/微量細(xì)胞全基因組甲基化
(1) 分離細(xì)胞經(jīng)PBS洗滌,去除培養(yǎng)過(guò)程或體液雜質(zhì),該雜質(zhì)可直接抑制后續(xù)酶反應(yīng);
(2) 用流式細(xì)胞儀或顯微操作分離單細(xì)胞與0.2ml的PCR管中底部;
(3) 細(xì)胞分離后的體積推薦1-5ul,最多不超過(guò)10ul,加等體積的公司寄送的DNA裂解液和1ul的蛋白酶K,37℃反應(yīng)1小時(shí),反應(yīng)后-80℃保存;
(4) 記錄每管細(xì)胞體積和加入的buffer體積和蛋白酶K體積;
(5) 記錄每管細(xì)胞的數(shù)量,微量細(xì)胞推薦每個(gè)樣品細(xì)胞量相同,在100-300個(gè)細(xì)胞之間;若細(xì)胞數(shù)量大于1000,細(xì)胞分離體積不超過(guò)20ul;
(6) 用 Parafilm 封口膜纏繞封口,裝入 PCR管盒,橡皮筋固定,再裝入自封袋,大體積干冰運(yùn)輸。
10. 特殊樣本甲基化測(cè)序(FFPE/cfDNA等)
(1) FFPE/游離DNA等嚴(yán)重降解的全基因組甲基化檢測(cè)推薦提供DNA總量不低于10ng,濃度正常不低于1ng/ul,DNA溶解于EB緩沖液(10mM Tris-HCl,pH 7.5-8.5) 。
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B.RNA類文庫(kù)送樣要求
1. 普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總RNA Qubit檢測(cè)總量不低于2μg,濃度正?!?0ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,PBS漂洗去除殘留血液,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,推薦用RNA later液氮保存;或組織處理后液氮研磨,在1.5ml離心管中加入1ml的Trizol劇烈混勻,-80℃保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集10的6-7次方細(xì)胞沉淀,在細(xì)胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,將細(xì)胞吹散,干冰寄送。
2. 真核鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(ssRNA-seq)
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總RNA Qubit檢測(cè)總量不低于2μg,濃度正?!?00ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,PBS漂洗去除殘留血液,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,推薦用RNA later液氮保存;或組織處理后液氮研磨,在1.5ml離心管中加入1ml的Trizol劇烈混勻,-80℃保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集10的6-7次方細(xì)胞沉淀,在細(xì)胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,將細(xì)胞吹散,干冰寄送。
3. Small RNA測(cè)序
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總RNA Qubit檢測(cè)總量不低于2μg,濃度正?!?00ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,PBS漂洗去除殘留血液,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,推薦用RNA later液氮保存;或組織處理后液氮研磨,在1.5ml離心管中加入1ml的Trizol劇烈混勻,-80℃保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集10的6-7次方細(xì)胞沉淀,在細(xì)胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,將細(xì)胞吹散,干冰寄送。
4. ceRNA測(cè)序
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總RNA Qubit檢測(cè)總量不低于2μg,濃度正常≥100ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
組織樣品:
(1) 優(yōu)先選擇新鮮采集的樣本,其次才是長(zhǎng)期凍存組織,組織長(zhǎng)期凍存優(yōu)先推薦液氮凍存;對(duì)于植物組織盡量選取嫩幼的器官;
(2) 對(duì)于新鮮組織離體分離后,PBS漂洗去除殘留血液,快速切成小塊,去除結(jié)締組織等,推薦用RNA later液氮保存;或組織處理后液氮研磨,在1.5ml離心管中加入1ml的Trizol劇烈混勻,-80℃保存;
(3) 動(dòng)物組織推薦送樣量不小于60mg;植物組織推薦送樣量不低于150mg;
(4) 組織樣品推薦通過(guò)干冰寄送。
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期,貼壁細(xì)胞胰酶消化,500g離心5min,去培養(yǎng)基后PBS懸浮,500g離心5min,收集10的6-7次方細(xì)胞沉淀,在細(xì)胞沉淀中加入1ml的Trizol裂解液,將細(xì)胞吹散,干冰寄送。
5. 常規(guī)m6A RNA甲基化測(cè)序(MeRIP)
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總RNA Qubit檢測(cè)總量不低于75μg,濃度正?!?50ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
動(dòng)物組織樣品:
(1) 優(yōu)先選用新鮮采集的樣本,液氮或-80℃凍存的組織,凍存期間避免反復(fù)凍融;組織量推薦不小于50mg;
(2) 組織離體后,用PBS或生理鹽水快速漂洗,去除殘留血液,血管或結(jié)締組織后,馬上進(jìn)行液氮萃凍,后轉(zhuǎn)入凍存管液氮或-80℃保存;或?qū)⒔M織切成小片后,在含有RNA later的凍存管中液氮或-80℃保存;
植物組織樣品:
(1) 植物組織樣本建議送樣量≥500mg。盡量選取新鮮、幼嫩、生長(zhǎng) 旺盛的組織部位;
(2) 準(zhǔn)確取得所需組織后,用清水清洗干凈表面的灰塵及泥土,立即放入事先標(biāo)記好的凍存管中,或者用錫箔紙包裹好做好標(biāo)記;
(3) 立即投入液氮中萃凍,后進(jìn)行液氮或-80℃冰箱保存;
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 貼壁細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型,去除細(xì)胞培養(yǎng)基,PBS漂洗細(xì)胞2-3次,最后一次將PBS去除干凈,(一定要去除干凈,殘留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器輕輕吹打,用Trizol將細(xì)胞裂解下來(lái),轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的7次方左右;
(2) 懸浮細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型后,收集細(xì)胞,用PBS洗滌1-2次,最后一次離心后,去除干凈PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速將細(xì)胞重懸,轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的7次方左右;
(3) 干冰寄送。
6. 常規(guī) m5C/m1A/m7G/ac4C RNA 修飾測(cè)序(RIP)
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總 RNA Qubit 檢測(cè)總量不低于 100μg,濃度正?!?ug/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
動(dòng)物組織樣品:
(1) 優(yōu)先選用新鮮采集的樣本,液氮或-80℃凍存的組織,凍存期間避免反復(fù)凍融;組織量推薦不小于100mg;
(2) 組織離體后,用PBS 或生理鹽水快速漂洗,去除殘留血液,血管或結(jié)締組織后,馬上進(jìn)行液氮萃凍,后轉(zhuǎn)入凍存管液氮或-80℃保存;或?qū)⒔M織切成小片后,在含有RNA later的凍存管中液氮或-80℃保存;
植物組織樣品:
(1) 植物組織樣本建議送樣量≥600mg。盡量選取新鮮、幼嫩、生長(zhǎng) 旺盛的組織部位;
(2) 準(zhǔn)確取得所需組織后,用清水清洗干凈表面的灰塵及泥土,立即放入事先標(biāo)記好的凍存管中,或者用錫箔紙包裹好做好標(biāo)記;
(3) 立即投入液氮中萃凍,后進(jìn)行液氮或-80℃冰箱保存;
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 貼壁細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型,去除細(xì)胞培養(yǎng)基,PBS漂洗細(xì)胞2-3次,最后一次將PBS去除干凈,(一定要去除干凈,殘留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器輕輕吹打,用Trizol將細(xì)胞裂解下來(lái),轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的7次方左右;
(2) 懸浮細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型后,收集細(xì)胞,用PBS洗滌1-2次,最后一次離心后,去除干凈PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速將細(xì)胞重懸,轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的7次方左右;
(3) 干冰寄送。
7. 常規(guī) m5C RNA 甲基化測(cè)序(RNA-Bis)
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總 RNA Qubit 檢測(cè)總量不低于 50μg,濃度正?!?00ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
動(dòng)物組織樣品:
(1) 優(yōu)先選用新鮮采集的樣本,液氮或-80℃凍存的組織,凍存期間避免反復(fù)凍融;組織量推薦不小于30mg;
(2) 組織離體后,用PBS 或生理鹽水快速漂洗,去除殘留血液,血管或結(jié)締組織后,馬上進(jìn)行液氮萃凍,后轉(zhuǎn)入凍存管液氮或-80℃保存;或?qū)⒔M織切成小片后,在含有RNA later的凍存管中液氮或-80℃保存;
植物組織樣品:
(1) 植物組織樣本建議送樣量≥300mg。盡量選取新鮮、幼嫩、生長(zhǎng) 旺盛的組織部位;
(2) 準(zhǔn)確取得所需組織后,用清水清洗干凈表面的灰塵及泥土,立即放入事先標(biāo)記好的凍存管中,或者用錫箔紙包裹好做好標(biāo)記;
(3) 立即投入液氮中萃凍,后進(jìn)行液氮或-80℃冰箱保存;
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 貼壁細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型,去除細(xì)胞培養(yǎng)基,PBS漂洗細(xì)胞2-3次,最后一次將PBS去除干凈,(一定要去除干凈,殘留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器輕輕吹打,用Trizol將細(xì)胞裂解下來(lái),轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議5X10的6次方左右;
(2) 懸浮細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型后,收集細(xì)胞,用PBS洗滌1-2次,最后一次離心后,去除干凈PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速將細(xì)胞重懸,轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議5X10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
8. 微量(m6A) RNA甲基化測(cè)序(MeRIP)
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總 RNA Qubit 檢測(cè)總量不低于 10μg,濃度正?!?00ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
動(dòng)物組織樣品:
(1) 優(yōu)先選用新鮮采集的樣本,液氮或-80℃凍存的組織,凍存期間避免反復(fù)凍融;組織量推薦不小于30mg;
(2) 組織離體后,用PBS 或生理鹽水快速漂洗,去除殘留血液,血管或結(jié)締組織后,馬上進(jìn)行液氮萃凍,后轉(zhuǎn)入凍存管液氮或-80℃保存;或?qū)⒔M織切成小片后,在含有RNA later的凍存管中液氮或-80℃保存;
植物組織樣品:
(1) 植物組織樣本建議送樣量≥100mg。盡量選取新鮮、幼嫩、生長(zhǎng) 旺盛的組織部位;
(2) 準(zhǔn)確取得所需組織后,用清水清洗干凈表面的灰塵及泥土,立即放入事先標(biāo)記好的凍存管中,或者用錫箔紙包裹好做好標(biāo)記;
(3) 立即投入液氮中萃凍,后進(jìn)行液氮或-80℃冰箱保存;
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 貼壁細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型,去除細(xì)胞培養(yǎng)基,PBS漂洗細(xì)胞2-3次,最后一次將PBS去除干凈,(一定要去除干凈,殘留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器輕輕吹打,用Trizol將細(xì)胞裂解下來(lái),轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的6次方左右;
(2) 懸浮細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型后,收集細(xì)胞,用PBS洗滌1-2次,最后一次離心后,去除干凈PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速將細(xì)胞重懸,轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
9. 微量(m7G/ac4C/m1A)RNA 甲基化測(cè)序(RIP)
提取的RNA樣品:
(1) 提取的總 RNA Qubit 檢測(cè)總量不低于 30μg,濃度正?!?00ng/ul;
(2) 電泳檢測(cè)具有明顯的18S或28S主帶,且條帶清晰,或RIN值不低于7.5,28s/18s≥1.5;
(3) 已提取RNA通過(guò)干冰寄送。
動(dòng)物組織樣品:
(1) 優(yōu)先選用新鮮采集的樣本,液氮或-80℃凍存的組織,凍存期間避免反復(fù)凍融;組織量推薦不小于40mg;
(2) 組織離體后,用PBS 或生理鹽水快速漂洗,去除殘留血液,血管或結(jié)締組織后,馬上進(jìn)行液氮萃凍,后轉(zhuǎn)入凍存管液氮或-80℃保存;或?qū)⒔M織切成小片后,在含有RNA later的凍存管中液氮或-80℃保存;
植物組織樣品:
(1) 植物組織樣本建議送樣量≥400mg。盡量選取新鮮、幼嫩、生長(zhǎng) 旺盛的組織部位;
(2) 準(zhǔn)確取得所需組織后,用清水清洗干凈表面的灰塵及泥土,立即放入事先標(biāo)記好的凍存管中,或者用錫箔紙包裹好做好標(biāo)記;
(3) 立即投入液氮中萃凍,后進(jìn)行液氮或-80℃冰箱保存;
培養(yǎng)細(xì)胞樣品:
(1) 貼壁細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型,去除細(xì)胞培養(yǎng)基,PBS漂洗細(xì)胞2-3次,最后一次將PBS去除干凈,(一定要去除干凈,殘留小于10ul),按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器輕輕吹打,用Trizol將細(xì)胞裂解下來(lái),轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的6次方左右;
(2) 懸浮細(xì)胞,細(xì)胞生長(zhǎng)至對(duì)數(shù)期或達(dá)到細(xì)胞表型后,收集細(xì)胞,用PBS洗滌1-2次,最后一次離心后,去除干凈PBS,按照每1-5X10的6次方,加入1-1.5ml的Trizol,用移液器快速將細(xì)胞重懸,轉(zhuǎn)入1.5ml離心管后,-80℃保存;每個(gè)樣本細(xì)胞數(shù)量建議10的6次方左右;
(3) 干冰寄送。
10. 單細(xì)胞/微量細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-seq)
(1) 細(xì)胞經(jīng)PBS漂洗后進(jìn)行分離,分離步驟如下:
(2) 細(xì)胞分離前,在0.2ml的無(wú)菌PCR管中加入2ul的RNA裂解液(實(shí)驗(yàn)開始前,聯(lián)系公司寄送);
(3) 將細(xì)胞經(jīng)流式細(xì)胞儀或顯微操作轉(zhuǎn)移至含裂解液的PCR管中;分離細(xì)胞體積不超過(guò)0.5ul,以0.2-0.5ul為宜;-80℃凍存;
(4) 記錄每管細(xì)胞量,每管樣品推薦相同細(xì)胞量;
(5) 微量細(xì)胞推薦在40-100個(gè)細(xì)胞之間;
(6) 細(xì)胞分離液不能含有培養(yǎng)基,體液等,其對(duì)后續(xù)有抑制作用。
C.染色質(zhì)類文庫(kù)送樣要求
1. ATAC-seq(細(xì)胞)
(1) 取生長(zhǎng)狀態(tài)良好的細(xì)胞進(jìn)行胰蛋白酶消化計(jì)數(shù),保證細(xì)胞存活率在90%以上;
(2) 將細(xì)胞重懸在凍存液中,每個(gè)凍存管加入8-10萬(wàn)個(gè)細(xì)胞,標(biāo)記每管細(xì)胞數(shù)量,每個(gè)樣品平行準(zhǔn)備2-3管;
(3) 加入0.5-1ml凍存液,梯度降溫至-80℃保存。
(4) 運(yùn)輸保證足夠干冰,將細(xì)胞放入中間
(5) 凍存液基本配方: 20% 胎牛血清(FBS)+70% 完全培養(yǎng)基+10% 二甲亞砜(DMSO) 。
2. 染色體免疫共沉淀測(cè)序(CHIP-seq)
需要抗體富集:
貼壁細(xì)胞:
(1) 用PBS緩沖液(pH7.4)新鮮配制濃度為1%的甲醛溶液,37℃水浴鍋預(yù)熱待用;
(2) 棄除細(xì)胞培養(yǎng)液,用PBS洗滌后(去除干凈),加入預(yù)熱的1%新鮮配制的甲醛溶液,對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子或DNA結(jié)合蛋白,37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱孵育10-15min固定;對(duì)于組蛋白修飾研究,37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱孵育5-8min。轉(zhuǎn)錄因子等研究要求直接在培養(yǎng)皿固定,組蛋白修飾優(yōu)先推薦在培養(yǎng)皿直接固定,可接受胰蛋白酶消化細(xì)胞懸液后固定,(10cm細(xì)胞培養(yǎng)板需要10ml,15cm細(xì)胞培養(yǎng)板需要15ml);
(3) 棄除甲醛溶液,分別用預(yù)冷的1×PBS+BSA(5mg/ml)緩沖液及預(yù)冷的1×PBS緩沖液清洗細(xì)胞各一次(10cm細(xì)胞培養(yǎng)板需要10ml,15cm細(xì)胞培養(yǎng)板需要15ml);
(4) 在細(xì)胞培養(yǎng)板上均勻滴上500ul冰預(yù)冷的PBS完全液(PBS+1×PIC蛋白酶抑制劑);
(5) 用刮板將細(xì)胞從培養(yǎng)板上刮下來(lái),收集至EP管中;
(6) 2000rpm離心1分鐘;
(7) 移除上清,輕彈管壁使收集的細(xì)胞重懸于殘余的PBS中;
(8) -80℃凍存,干冰寄送,每個(gè)樣本細(xì)胞量不低于107。
懸浮細(xì)胞樣本處理:
(1) 用PBS緩沖液(pH7.4)新鮮配制濃度為1%的甲醛溶液,37℃預(yù)熱待用,每個(gè)樣品約10ml;
(2) 將不少于2X107細(xì)胞收集到離心管,500g離心5min棄除細(xì)胞培養(yǎng)液;用PBS洗滌,離心后(去除干凈),加入5-10ml預(yù)熱的1%新鮮配制的甲醛溶液輕輕重懸細(xì)胞,對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子或DNA結(jié)合蛋白,37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱孵育10-15min固定;對(duì)于組蛋白修飾研究,37℃細(xì)胞培養(yǎng)箱孵育5-10min;
(3) 棄除甲醛溶液后(可用終濃度125mM的甘氨酸中和),分別用約10ml預(yù)冷的1×PBS+BSA(5mg/ml)緩沖液及預(yù)冷的1×PBS緩沖液清洗細(xì)胞各一次;
(4) 在細(xì)胞沉淀中加入約500ul冰預(yù)冷的PBS完全液(PBS+1×PIC,蛋白酶抑制劑),轉(zhuǎn)入1.5ml的離心管,2000rpm離心1分鐘;
(5) 移除上清,輕彈管壁使收集的細(xì)胞重懸于殘余的PBS中;
(6) -80℃凍存,干冰寄送,每個(gè)樣本細(xì)胞量不低于107。
動(dòng)物組織樣品處理要求
(1) 盡快取下組織,去除其他附著組織如脂肪組織等;
(2) 剪開主血管,用冰冷的PBS 緩沖液(pH7.4)洗去血液;
(3) 盡量去除組織表面液體后放置到凍存管,液氮速凍后-80℃保存;
(4) 【注意事項(xiàng)】整個(gè)處理過(guò)程中要注意外源物種組織或者細(xì)胞污染,處理時(shí)間不要太長(zhǎng),最好不要超過(guò)1 小時(shí),且在冰上操作。
(5) 樣品需求量:每次ChIP 反應(yīng)起始量為:人或者小鼠的組織:0.2 g 以上;(以上起始量根據(jù)小鼠組織實(shí)驗(yàn)結(jié)果,其他物種根據(jù)基因組大小起始量按比例調(diào)整)
(6) 樣品必須使用干冰運(yùn)輸,時(shí)間盡量不要超過(guò) 72 小時(shí),同時(shí)請(qǐng)用 Parafilm 膜將管口密封好,以防出現(xiàn)污染。
(7) 【注意事項(xiàng)】在運(yùn)輸過(guò)程中一定不能出現(xiàn)凍融現(xiàn)象出現(xiàn),如果發(fā)現(xiàn)凍融現(xiàn)象建議重新寄樣品。
(8) 請(qǐng)客戶仔細(xì)處理樣品,盡量避免污染和運(yùn)輸途中出現(xiàn)凍融,如果樣品珍貴請(qǐng)客戶自行將所送樣品進(jìn)行保留備份。
富集后僅建庫(kù):
(1) IP后Qubit檢測(cè)富集DNA≥5ng,濃度正常不低于0.5ng/ul;
(2) DNA溶解于EB緩沖液(10mM Tris-HCl,pH
(3) 7.5-8.5);
(4) 提供IP前染色質(zhì)打斷后的電泳圖片,DNA片段分布在100-500bp為宜。