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真核轉(zhuǎn)錄組-mRNA測(cè)序（RNA-seq）

有參常規(guī)轉(zhuǎn)錄組（RNA-Seq）


轉(zhuǎn)錄組是某個(gè)物種或者特定細(xì)胞類(lèi)型產(chǎn)生的所有RNA，可從整體水平研究基因功能以及基因結(jié)構(gòu)，揭示特定生物學(xué)過(guò)程以及疾病發(fā)生過(guò)程中的分子機(jī)理，廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本，精確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)以及cSNP（編碼序列單核苷酸多態(tài)性），提供最全面的轉(zhuǎn)錄組信息。


轉(zhuǎn)錄組測(cè)序無(wú)需預(yù)先針對(duì)已知序列設(shè)計(jì)探針，即可對(duì)任意物種進(jìn)行檢測(cè)，提供更精確的數(shù)據(jù)，更高的檢測(cè)通量以及更廣泛的檢測(cè)范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。


技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1）檢測(cè)應(yīng)用范圍廣 ：可用于任意已知基因組序列物種，高于6個(gè)數(shù)量級(jí)的動(dòng)態(tài)檢測(cè)范圍，能夠同時(shí)鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本；
2）分析可靠性高：可進(jìn)行全基因組mRNA分析，同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并精確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域；
3）單堿基分辨率：能夠檢測(cè)到細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。


無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序


轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和。在常規(guī)轉(zhuǎn)錄組分析中需要將reads比對(duì)到參考基因組，目前參考基因組已知的物種較少，這使得應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組分析受到一定的限制。無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析可以在沒(méi)有參考基因組的前提下對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序進(jìn)行分析，可以解決沒(méi)有參考基因組的問(wèn)題。


在獲得測(cè)序的reads后，將該reads組裝成轉(zhuǎn)錄本，之后在各大數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行注釋?zhuān)@得轉(zhuǎn)錄本詳細(xì)信息，進(jìn)一步進(jìn)行功能富集分析等操作。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1）應(yīng)用范圍廣 ：適用于任何沒(méi)有參考基因組的真核物種；
2）注釋信息豐富 ：通過(guò)與各大蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，獲得較完整的轉(zhuǎn)錄本注釋信息，并預(yù)測(cè)該轉(zhuǎn)錄本的信號(hào)肽區(qū)域和判斷該轉(zhuǎn)錄本是否為跨膜蛋白；

3）富集分析完整：能提供完整的GO富集分析和KEGG富集結(jié)果。


實(shí)驗(yàn)策略：



分析內(nèi)容：



送樣要求：



經(jīng)典案例：


各組織細(xì)胞轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量（左）


在肢體組織中表達(dá)量較高的基因在其他組織中表達(dá)情況（右）

分析肢體中轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量相比較其他組織高的轉(zhuǎn)錄本,共有159轉(zhuǎn)錄本(151基因)。其中表達(dá)量差異最大的是kazald1,該基因在肢體組織被切除前幾乎檢測(cè)不到,切除后表達(dá)量迅速提高,并且痊愈后表達(dá)量恢復(fù)正常水平。

為研究kazald1基因?qū)χw再生的影響,用嗎啉代處理,減弱Kazald1的說(shuō)明kazald1在肢體再生過(guò)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。

肢體再生對(duì)照?qǐng)D

參考文獻(xiàn)：
① DOI:10.1016/j.celrep.2016.12.063