甲基化-935K芯片
935K甲基化芯片（Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit）是一種全基因組甲基化篩選工具，靶向人類甲基化組研究中最具生物學意義的區(qū)域中超過935,000個CpG位點，分布于增強子、啟動子區(qū)、基因編碼區(qū)和CpG島，在其前代產品MethylationEPIC v1.0（850K）的基礎上極大的提高了向后兼容性，去除了性能不佳的探針，新增了至少18.6萬個新探針，不僅擴大CpG島覆蓋范圍、增強外顯子覆蓋率，實現(xiàn)更準確的拷貝數(shù)變異（CNV）檢測，同時注釋基因組版本從HG19更新到HG38和v41版GenCode數(shù)據(jù)庫。該芯片保留了以單堿基分辨率定量分析全基因組CpG的能力，同時提供高度準確和精確的甲基化測量，不受測序深度的影響?？墒褂镁喌腎nfinium甲基化檢測分析多種DNA樣本類型，包括從FFPE分離的DNA樣本。因此可用于探究疾病機制和生物標志物的篩選。
Illumina甲基化芯片（450K、850K、935K），三種芯片位點比較示意圖
位點覆蓋
· 覆蓋大部分850K芯片位點
- CpG島
- 在人干細胞中發(fā)現(xiàn)的非CpG（CHH）甲基化位點
- ENCODE開放染色質和增強子
- FANTOM5 增強子
- DNase超敏感位點
- miRNA 啟動子區(qū)域
- 涵蓋850K芯片中＞87%的位點
· 935K芯片新增的探針位點:
- 在多種癌癥的腫瘤與正常樣本中發(fā)現(xiàn)的差異甲基化位點
- 通過ChIP-seq在癌癥和細胞系樣本中鑒定的增強子和超級增強子
- 使用ATAC-seq在原發(fā)性人類癌癥中識別的可及染色質區(qū)域
- 擴大了CpG島的覆蓋范圍
- 增強了外顯子的覆蓋范圍，實現(xiàn)更準確的拷貝數(shù)變異（CNV）檢測
- 常見的癌癥驅動突變
技術優(yōu)勢：
1）廣泛的基因組覆蓋范圍：每個樣本檢測＞935,000個 CpG 位點。
2）分辨率高：單堿基分辨率，可以直接檢測到發(fā)生甲基化的確切位點。
3）高質量的數(shù)據(jù)：同時采用 Infinium I 及 II 探針設計，是檢測范圍最大化。
? 可重復性高：自身技術重復相關性R2>0.99；935K VS 850K 芯片交集探針間相關性R2>0.99；935K芯片 VS 甲基化測序（100X）相關性R2>0.96。
4）適用于 FFPE 樣品。
應用方向：
1）腫瘤研究：肺癌、食管癌、卵巢癌等研究
2）復雜疾病研究：精神疾病、代謝病、心血管病、免疫病等研究
3）環(huán)境互作研究：吸煙、喝酒、工業(yè)暴露、污染等
4）發(fā)育研究：胚胎發(fā)育、神經分化、細胞分化等
檢測數(shù)據(jù)：
官方測試數(shù)據(jù)顯示，普通樣本和FFPE樣本之間的顯示出較高的技術重復性（高達98%），說明測序獲得的甲基化水平信息具有很高可信度
935K芯片具有高重現(xiàn)性、兼容性以及與測序數(shù)據(jù)的相關性，準確性高
送樣要求：
