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羥甲基化-全基因組羥甲基化測(cè)序（ACE）

該技術(shù)是一種全新的鑒定5hmC的方法。DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁，而5hmC則因?yàn)椴槐辉撁缸R(shí)別，測(cè)序時(shí)仍被識(shí)別為C。該技術(shù)利用該酶的這種特性，特異性地檢測(cè)基因組上發(fā)生的5hmC修飾。


ACE-seq原理示意如下：


（1）利用β-葡糖基轉(zhuǎn)移酶（βGT）將5hmC加上葡糖基，轉(zhuǎn)變成5ghmC，5ghmC不會(huì)被A3A酶脫氨基。
（2）利用A3A酶特異去除C和5mC的氨基，使其轉(zhuǎn)變成U，而5hmC保持為C，從而將5hmC和C/5mC區(qū)分開(kāi)來(lái)。




技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1）檢測(cè)范圍為全基因組；
2）單堿基分辨率；
3）起始DNA量比常規(guī)的oxBS技術(shù)降低100倍；
4）高準(zhǔn)確性。


實(shí)驗(yàn)策略


信息分析


送樣要求



研究案例

開(kāi)發(fā)了ACE-Seq技術(shù)并利用ACE-Seq探究小鼠腦部神經(jīng)細(xì)胞5mC及5hmC的特征及作用
Nondestructive, base-resolution sequencing of 5-hydroxymethylcytosine using a DNA deaminase

1、背景
傳統(tǒng)的鑒定5hmC的技術(shù)需要運(yùn)用化學(xué)試劑進(jìn)行轉(zhuǎn)化，會(huì)破壞基因組DNA，且需要的DNA起始量較大。建立一種非破壞性的、低起始DNA量的鑒定5hmC的技術(shù)有助于加快加深5hmC的研究。
2、方法
利用DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)特異性脫去C及5mC的氨基使其轉(zhuǎn)變成U的特性，建立了一種新型的鑒定基因組上的5hmC修飾的技術(shù)，并將該技術(shù)結(jié)合BS-Seq技術(shù)，研究了小鼠腦部神經(jīng)細(xì)胞5mC及5hmC的特征及作用。
3、結(jié)論
分析了小鼠腦部神經(jīng)細(xì)胞5mC及5hmC在不同基因元件的水平；
探究了小鼠腦部神經(jīng)細(xì)胞5mC及5hmC的異質(zhì)性。
探究了5mC及5hmC在小鼠腦部神經(jīng)細(xì)胞中的作用。

參考文獻(xiàn)：
① DOI:10.1038/nbt.4204