目標區(qū)域捕獲重亞硫酸鹽甲基化測序(LHC-BS)
目標區(qū)域捕獲重亞硫酸鹽甲基化測序是通過設計相應的探針序列，特異性捕獲感興趣的基因組特定區(qū)域，捕獲片段進一步通過重亞硫酸鹽處理，經(jīng)高通量測序檢測目標區(qū)域的甲基化水平。該技術是大樣本量，固定區(qū)域甲基化檢測的首選，可廣泛應用于臨床樣本甲基化特異性區(qū)域的鑒定以及與疾病相關的甲基化Bio-Marker的篩選和驗證。
技術優(yōu)勢：
覆蓋位點多：易基因團隊研發(fā)技術，選用羅氏NimbleGen高質量雜交探針，捕獲天然基因組DNA序列，覆蓋所有已注釋基因的啟動子、CG島等區(qū)域，可檢測CG位點3M之多?；蚝诵恼{控元件如：啟動子、增強子、CG島以及CG島邊緣的CG位點覆蓋均為850K芯片覆蓋的近10倍。
精確度高：單堿基分辨率。由于目標區(qū)域高度富集，測序具有高深度、均勻分布的特點，檢測結果準確、可重復性高，與已發(fā)表的全基因組甲基化測序數(shù)據(jù)有高度一致性。
成本低：通過捕獲技術富集關鍵區(qū)域進行BS測序，減少非重要區(qū)域覆蓋，降低測序量。
實驗策略
信息分析
技術參數(shù)
研究案例
基于液相雜交捕獲的重亞硫酸鹽測序的肝細胞癌DNA甲基化研究
Gao, F., et al. (2015). "Global analysis of DNA methylation in hepatocellular carcinoma by a liquid hybridization capture-based bisulfite sequencing approach." Clin Epigenetics 7: 86.
1、背景：
全基因組重亞硫酸鹽甲基化測序的測序成本較高，DNA甲基化的修飾研究往往只關注基因附近的區(qū)域，對基因組的區(qū)域進行選擇性的捕獲和重亞硫酸鹽測序可以有效降低測序成本，并期望將其運用于癌癥表觀基因組學研究領域。
2、方法：
基于目標區(qū)域液相捕獲的重亞硫酸鹽測序技術，對肝細胞癌的啟動子區(qū)DNA甲基化展開研究。
3、結論：
建立了基于全基因組啟動子區(qū)域液相雜交捕獲和重亞硫酸鹽測序相結合的技術，并利用該技術研究了8個肝細胞癌患者癌和癌旁組織的全基因組啟動子區(qū)域的DNA甲基化水平，共涉及到1.86 Mb的CpG位點。同時，結合基因表達數(shù)據(jù)和后期的大規(guī)模樣本間驗證，成功鑒定出了7個與肝癌發(fā)生和發(fā)展有關的差異甲基化基因。
8對肝細胞癌患者癌和癌旁組織的DNA甲基化聚類分析以及差異甲基化候選基因
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技術推介｜目標區(qū)域捕獲重亞硫酸鹽甲基化測序(LHC-BS)
