原核轉錄組測序可以從基因表達量、基因結構和sRNA調控功能三維度揭示不同生物性狀的分子調控機制。如通過計算各組間的差異基因并對差異基因進行富集分析，獲得對生物性狀影響較大的通路信息；通過預測基因的反義轉錄本，豐富基因組注釋內容；研究sRNA對mRNA的相互作用，從分子調控角度解釋生物性狀之間的差異。

易基因針對檢測原核菌個性化設計rRNA去除探針，利用高通量技術對原核細胞所產(chǎn)生的所有mRNA和sRNA（非編碼RNA）進行測序。系統(tǒng)全面解析特定細胞所產(chǎn)生的mRNA和sRNA對生物性狀的影響。

技術優(yōu)勢

1. 針對原核生物設計去除rRNA專屬探針，rRNA去除效果好。

2。 同時分析sRNA與mRNA的互作關系，更加全面解讀表達互作網(wǎng)絡。

研究方向

原核轉錄組測序是專業(yè)針對原核微生物設計開展的轉錄組學研究。

1）基因表達量分析

2）差異基因鑒定

3）非編碼RNA鑒定等

實驗策略

信息分析

送樣要求

研究案例

嗜水氣單胞菌的原核轉錄組研究

Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.

1.背景：

嗜水氣單胞菌是魚類運動性氣單胞菌敗血癥的病原體。嗜水氣單胞菌的發(fā)病機制是復雜的、多因素的，涉及粘附素、毒素和鐵元素攝取系統(tǒng)等多種毒力因子。盡管不斷有新的毒力因子被人們發(fā)現(xiàn)，但這種細菌的致病機制仍不清楚。

2.方法：

IolR是一種轉錄抑制因子，可以負向調節(jié)肌醇代謝活性。作者在養(yǎng)殖死亡的鯉魚中分離出來嗜水氣單胞菌NJ-35細菌，采用同源重組的方法構建了一株IolR基因缺失菌株，將ΔiolR突變體菌株與野生型菌株進行比較分析。對細菌在LB培養(yǎng)基上的生長情況進行評估，并進行轉錄組比較分析和qRT-PCR驗證，以鑒定IolR在嗜水氣單胞菌NJ-35中的功能。

3.結論：

原核轉錄組分析表明差異表達基因大多涉及膜部分、轉運、細胞代謝和信號轉導等功能

參考文獻：

Dong Y,et al.IolR, a negative regulator of the myo-inositol metabolic pathway, inhibits cell autoaggregation and biofilm formation by downregulating RpmA in Aeromonas hydrophila. NPJ Biofilms Microbiomes. 2020 May 20;6(1):22.

AraC-Type Regulator Rsp Adapts Staphylococcus aureus Gene Expression to Acute Infection

AraC型轉錄因子Rsp使金黃色葡萄球菌基因表達適應急性感染

1、背景：

金黃色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）是一種重要的人類病原體，可引起急性感染和慢性感染。而急性感染

的特征在于有明顯的毒素產(chǎn)生，慢性感染則通常涉及生物膜形成。然而，金黃色葡萄球菌引起急性

和慢性感染的機制仍然不明確。

2、方法：

作者鑒定了一種調節(jié)蛋白Rsp，該調節(jié)蛋白屬于AraC型轉錄調節(jié)因子家族的成員。當抑制主要的菌膜相關基因的

表達及菌膜形成時，Rsp可促進毒素的產(chǎn)生。

3、結論：

Rsp通過上調Agr及下調polysaccharide intercellularadhesin （PIA）來調節(jié)毒力影響。深入研究表明，Rsp通過結合 agrP2 

和icaADBC啟動子，來促進Agr調控的PSMs 和α-toxin的表達，同時抑制PIA的產(chǎn)生。該研究表明Rsp調控子可作為

治療金黃色葡萄球菌急性感染的一個潛在靶標。