甲基化DNA免疫共沉淀測序(MeDIP-Seq)

甲基化DNA免疫沉淀測序（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，MeDIP-Seq）是通過運用5'-甲基胞嘧啶特異性抗體富集甲基化的DNA片段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找甲基化區(qū)域，從而比較不同細胞、組織等樣品間的DNA甲基化差異?？蓮V泛用于大樣本量的疾病研究和分子育種研究。

技術(shù)優(yōu)勢：
1）檢測范圍廣：全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域；
2）針對性強：針對性檢測基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域；
3）成本低：大大降低了測序數(shù)據(jù)量，測序成本低。

實驗策略：


分析內(nèi)容：

送樣要求：

研究案例：

豬脂肪和肌肉組織的甲基化組
Li, M. et al.An atlas of DNA methylomes in porcine adipose and muscle tissues.Nat. Commun.3:850 doi: 10.1038/ncomms 1854 (2012).

1、背景
研究表明表觀修飾因子，特別是DNA甲基化在肥胖發(fā)生的過程中發(fā)揮重要的作用。豬作為重要的動物模型，有助于研究人的代謝和肥胖。

2、方法
利用MeDIP-seq測序技術(shù)對來自于3種豬的8個脂組織和2個肌肉組織，共計180個樣品進行甲基化修飾檢測。系統(tǒng)性的研究DNA甲基化和肥胖之間的關(guān)系。

3、結(jié)論
構(gòu)建了豬脂肪和肌肉的DNA甲基化圖譜，鑒定了種間、性別和組織間的差異甲基化修飾區(qū)域（DMR），啟動子區(qū)域的DMR通過抑制基因的表達與肥胖的發(fā)生有高度的相關(guān)性。

鑒定的差異甲基化修飾區(qū)域（DMR）

參考文獻：
① DOI:10.1038/ncomms1854

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表觀組學(xué)｜甲基化DNA免疫共沉淀測序(MeDIP-Seq)

甲基化DNA免疫共沉淀測序(MeDIP-Seq)

哺乳動物中最主要的DNA修飾是5mC(5-甲基胞嘧啶),占人類DNA中總胞嘧啶的3%～6%。相反,5mC在原核生物中很少,而6mA(N6-甲基腺嘌呤,對應(yīng)RNA上的修飾成為m6A,請注意區(qū)分)則是原核生物中最具代表性的DNA修飾,主要參與限制-修飾系統(tǒng)(restriction-modification),保護個體免受外來DNA的侵入,盡管哺乳動物中缺乏已知的限制-修飾系統(tǒng),但近年來的研究在真核生物,甚至包括哺乳動物和植物基因組中鑒定到了6mA,并發(fā)現(xiàn)6mA在生長發(fā)育和疾病調(diào)控中具有重要作用。該技術(shù)利用DNA 6mA修飾特異的抗體對基因組上發(fā)生6mA修飾的區(qū)域進行富集,結(jié)合高通量測序,對基因組上的6mA修飾進行定位。

技術(shù)優(yōu)勢：
1）檢測范圍廣：在全基因組范圍進行檢測。
2）針對性強：針對基因組上有6mA修飾的區(qū)域進行檢測,降低測序量,減少成本。
3）適用范圍廣：適用于大部分物種。

實驗策略：

分析內(nèi)容：

送樣要求：

經(jīng)典案例：

果蠅胚胎發(fā)育早期6mA圖譜的繪制及6mA結(jié)合蛋白的鑒定
6mA-DNA-binding factor Jumu controls maternalto-zygotic transition upstream of Zelda

1、背景
在胚胎發(fā)育早期，合子基因組如何精確地被母本因子激活，從而實現(xiàn)正常的胚胎發(fā)育，是一個長期存在的問題。

2、方法
利用6mA-seq技術(shù)繪制了果蠅胚胎發(fā)育早期的6mA圖譜，并通過6mA修飾區(qū)域的motif的分析，鑒定出胚胎發(fā)育早期關(guān)鍵的6mA結(jié)合蛋白。

3、結(jié)論
繪制了果蠅胚胎發(fā)育早期6mA圖譜；6mA結(jié)合蛋白Jumu可能通過調(diào)節(jié)Zelda的表達而在合子基因組激活過程中起到重要作用。

參考文獻：
① DOI:10.1038/s41467-019-10202-3

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表觀組學(xué)｜6mA免疫共沉淀測序（6mA-IP Seq）