微生物-擴增子測序（16S/18S rDNA，ITS）
擴增子測序主要是針對有一定物種區(qū)分度的基因片段的PCR產(chǎn)物進行測序分析。針對不同的研究目的和需求，易基因提供三種擴增子測序產(chǎn)品：16S rDNA測序、18S rDNA測序、ITS測序。
16S rDNA測序：16S rDNA為原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA編碼序列，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，具有9個高可變區(qū)（下圖， v1-v9）和10個保守區(qū)。高可變區(qū)具有良好的物種特異性，對若干高可變區(qū)進行測序，可以在一定分類水平上解析細菌或者古菌的群落結(jié)構(gòu)多樣性。
技術(shù)優(yōu)勢
實驗策略
信息分析
送樣要求
研究案例
坦桑尼亞哈扎人狩獵采集者腸道微生物的季節(jié)變化
Smits S A, Leach J, Sonnenburg E D, et al. Seasonal cycling in the gut microbiome of the Hadza hunter-gatherers of Tanzania.[J]. Science, 2017, 357(6353):802-806
背景：
坦桑尼亞的哈扎人是世界上僅存的狩獵部落，以原始的狩獵和采集方式生存繁衍。哈扎人的飲食結(jié)構(gòu)比較單一，未受到現(xiàn)代工業(yè)文明的影響。他們的飲食結(jié)構(gòu)在旱季主要以狩獵和植物塊莖為食，在雨季會更多的食用蜂蜜和漿果，季節(jié)性特征相當(dāng)顯著。這種飲食結(jié)構(gòu)導(dǎo)致他們的腸道微生物菌群易于對食物中的粗纖維進行消化。之前的研究也表明，哈扎人男性與女性由于分工不同，體內(nèi)的腸道微生物菌群也有很大不同。腸道菌群幫助人類在數(shù)百萬年的進化過程中適應(yīng)對不同種類食物的消化。本研究以哈扎人狩獵采集者腸道菌群為研究對象，其中一部分工作是利用16S rDNA測序進行菌群結(jié)構(gòu)季節(jié)性周期變化規(guī)律的分析。
方法：
該研究在不同季節(jié)收集了來自188個哈扎人的350個糞便樣本及飲食數(shù)據(jù)利用16SrDNA測序技術(shù)進行菌群分析。
結(jié)論：
作者對哈扎人腸道微生物菌群進行分析，發(fā)現(xiàn)哈扎人腸道微生物菌群具有周期性和季節(jié)不同性。其中，在旱季和雨季的間隙，哈扎人腸道中70%的擬桿菌會消失，但在這段時間之后，這些擬桿菌會重新出現(xiàn)。在哈扎人的腸道中，Prevotellaceae，Spirochaetes，Succinivibrionaceae，Lachnospiraceae四個科的細菌受季節(jié)改變最為顯著。同時，將哈扎人腸道微生物菌群與來自于16個國家18個人群的微生物菌群進行比較，發(fā)現(xiàn)工業(yè)化地區(qū)擬桿菌在菌群中占比21%，顯著高于傳統(tǒng)食物地區(qū)擬桿菌在菌群中占比0.8%。
