甲基化-簡化基因組甲基化測序（RRBS/ dRRBS/ XRBS）
簡化甲基化測序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)是利用限制性內(nèi)切酶對基因組進行酶切，富集啟動子及CpG島等重要的表觀調(diào)控區(qū)域并進行重亞硫酸鹽測序。該技術(shù)顯著提高了高CpG區(qū)域的測序深度，在CpG島、啟動子區(qū)域和增強子元件區(qū)域
可以獲得高精度的分辨率，是一種準確、高效、經(jīng)濟的DNA甲基化研究方法，在大規(guī)模
臨床樣本的研究中具有廣泛的應(yīng)用前景。為了適應(yīng)科研技術(shù)的需要，我們進一步開發(fā)了可在更大區(qū)域內(nèi)
捕獲CpG位點的雙酶切RRBS(dRRBS)，可研究更廣泛區(qū)域的甲基化，包括CGI shore等區(qū)域。
為助力低樣本量多維度分析，我們開發(fā)了富集覆蓋CpG島、啟動子、增強子、CTCF結(jié)合位點的甲基化靶向測序方法：extended-representation bisulfite sequencing （XRBS），
實現(xiàn)了高靈敏度和樣本復(fù)用，使其具有高度可擴展性，并適用于有限的樣本和單個細胞。
技術(shù)優(yōu)勢
3. 性價比高：測序區(qū)域針對高CpG區(qū)域，數(shù)據(jù)利用率更高。
實驗策略
信息分析
技術(shù)參數(shù)
研究案例
DNA甲基化的改變對癌癥細胞侵襲能力的影響
Antje Hascher, et al. (2013) DNA Methyltransferase Inhibition Reverses Epigenetically Embedded Phenotypes in Lung Cancer
Preferentially Affecting Polycomb Target Genes. Clin Cancer Res; 20(4); 814?26.
1、背景：
癌細胞的表型在一定程度上由表觀決定，比如DNA甲基化。癌癥發(fā)展后期的轉(zhuǎn)移特性可能與表觀遺傳修飾的改變有關(guān)。
2、方法：
利用RRBS技術(shù)檢測具有高侵襲性的非小細胞肺癌細胞系(A549和HTB56)以及相應(yīng)經(jīng)過甲基化抑制劑氮雜胞苷（azacytidine）處理過的細胞
系的甲基化修飾。探討甲基化的改變對肺癌細胞系的侵襲能力的影響。
3、結(jié)論：
高侵襲性細胞系在發(fā)展過程中，DNA甲基化修飾發(fā)生了廣泛的改變。同低侵襲能力的細胞系相比，RRBS檢測到的CpG富集的區(qū)域中有2.5%
的區(qū)域發(fā)生了差異修飾。當使用了DNA甲基化抑制劑azacytidine，伴隨著這些高甲基化修飾的位點出現(xiàn)甲基化修飾的丟失，細胞系的侵襲能
力也發(fā)生了逆轉(zhuǎn)。
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